Nach der Ablehnung der Confessio Augustana bildete sich der Schmalkaldische Bund als Vertretung protestantischer Fürsten. Nachdem dieser in dem Schmalkaldischen Krieg gegen Kaiser Karl V. verloren hatte, mussten die protestantischen Reichsstände das Augsburger Interim annehmen, das von allen Forderungen der Reformation bis zur endgültigen Klärung durch ein Konzil ca. den Laienkelch und die Priesterehe gewährt.

Kaiser Karls Plan der Spanischen Sukzession, nachdem die Kaiserwürde an Sohn Philipp II. von Spanien übergehen sollte, obwohl Ferdinand I. 1531 zu dem römischen König gewählt wurde, führte zu dem Widerstand der Fürsten, die um ihre Libertät, ihre Freiheiten fürchteten.

Kurfürst Moritz von Sachsen erhielt erst 1547 von Karl V. die Kurwürde des dem Schmalkaldischen Bundes angehörenden Johann Friedrich von Sachsen. Der darum von den Protestanten Judas von Meißen genannte Moritz setzte sich an die Spitze der gegen die Spanische Sukzession aufbegehrenden Fürsten, täuscht Karl 1552 und nötigt ihn zur Flucht.

Ferdinand I. handelt unterdessen mit den Reichsfürsten 1552 den Passauer Vertrag und 1555 den Augsburger Religionsfrieden aus.

Um die nach der Reformation in Deutschland ausbrechenden Unruhen zwischen den protestantischen und katholischen Reichsständen (Schmalkaldischer Krieg / Fürstenaufstand) zu befrieden, kamen die Fürsten und die Stände in dem September 1555 nach Augsburg um einen Reichstag abzuhalten. Die Fürsten formulierten hier nicht mehr eine religiöse, sondern eine politische Kompromissformel, der beide Seiten zustimmen konnten: Wer das Land regierte solle den Glauben bestimmen "cuius regio, eius religio" (wessen Land, dessen Religion). Das bedeutet aber nicht religiöse Freiheit der Untertanen oder gar Toleranz, sondern Freiheit der Fürsten, ihre Religion zu wählen.

Dies war der Sieg der Territorialherren über das Reich, der Sieg der fürstlichen "Liberalität" über die Zentralgewalt, der Sieg über die Idee des universalen christlichen Kaisertums. Der gleichzeitig vereinbarte allgemeine Landfrieden sicherte dem Reich einen inneren Frieden, bis mit Ausbruch des 30jährigen Krieges (1618) die Gegensätze erneut und umso heftiger und grauenvoller hervortraten.

Den weltlichen Reichsständen wird Religionsfreiheit zugesichert, allerdings nicht für den Einzelnen, sondern für den Reichsstand. Getreu dem Motto Cuius regio, eius religio (In wessen Gebiet ich lebe, dessen Religion muss ich annehmen) bedeutete das, dass den Untertanen keine Religionsfreiheit zuteil wurde, sondern diese den Glauben ihres Landesherrn anzunehmen hatten. Das Motto selbst stammt allerdings erst aus dem 17. Jahrhundert. Untertanen, die der jeweils anderen Religion angehörten, mussten entweder die Religion wechseln, durften aber auch auswandern. Dieses Recht auf Auswanderung (nur bei unterschiedlicher Religion) ist einmalig in dem Mittelalter und für damalige Verhältnisse sehr fortschrittlich.

Obwohl die Reformierten erst mit dem Westfälischen Frieden 1648 wirklich gleichberechtigt mit den Katholiken und Lutheranern wurden, gilt der Augsburger Religionsfriede gemeinhin als Abschluss der durch die Reformation bedingten Auseinandersetzungen.

§14 (Landfriedensformel) Setzen demnach, ordnen, wollen und gebieten, daß fernerhin niemand, welcher Würde, Standes oder Wesens er auch sei, den anderen befehden, bekriegen, fangen, überziehen, belagern, sondern ein jeder den anderen mit rechter Freundschaft und christlicher Liebe entgegentreten soll und durchaus die Kaiserliche Majestät und Wir (der römische König Ferdinand, der für seinen Bruder Karl V. die Verhandlungen führte) alle Stände, und wiederum die Stände Kaiserliche Majestät und Uns, auch ein Stand den anderen, bei dieser nachfolgenden Religionskonstruktion des aufgerichteten Landfriedens in allen Stücken lassen sollen.

§15 (Religionsformel) Und damit solcher Friede auch trotz der Religionsspaltung, wie es die Notwendigkeit des Heiligen Reiches Deutscher Nationen erfordert, desto beständiger zwischen der Römischen Kaiserlichen Majestät, Uns, sowie den Kurfürsten, Fürsten, und Stände keinen Stand des Reiches wegen der Augsburgischen Konfession, und deren Lehre, Religion und Glauben in gewaltsamer Weise überziehen, beschädigen, vergewaltigen oder auf anderem Wege wieder Erkenntnis, Gewissen und Willen von dieser Augsburgischen Konfession, Glauben, Kirchengebräuchen, Ordnungen und Zeremonien, die sie aufgerichtet haben oder aufrichten werden, in ihren Fürstentümern, Ländern und Herrschaften etwas erzwingen oder durch Mandat erschweren oder verachten, sondern diese Religion, ihr liegendes und fahrendes Hab und Gut, Land, Leute, Herrschaften, Obrigkeiten, Herrlichkeiten und Gerechtigkeiten ruhig und friedlich belassen, und es soll die strittige Religion nicht anders als durch christliche, freundliche und friedliche Mittel und Wege zu entheilligem christlichen Verständnis und Vergleich gebracht werden.